Bohater gry akcji w którego przyjdzie nam się wcielić wyposażony został w całkiem nietypowy fant, a mianowicie biotyczną rękę. Przemierzamy wraz z nim ulice zniszczonego miasta, by odkryć okoliczności pewnego zamachu terrorystycznego.

    Bionic Commando stanowi kontynuację pozycji, która ukazała się pod koniec lat osiemdziesiątych XX wieku, na konsolę  NES. Pierwowzór był prostą grą platformową, której elementem charakterystycznym był główny bohater wyposażony w mechaniczną rękę mającą ukryty hak którym pokonywał kolejne etapy. Capcom postanowił sięgnąć po tamten tytuł i wskrzesić go w postaci gry akcji.

    Nathan Spencer, który jest głównym bohaterem, został skazany za popełnione w przeszłości przestępstwo przez sąd wojenny. W dniu egzekucji, dochodzi do zamachu terrorystycznego w Ascension City. Armia postanawia dać Nathanowi drugą szansę, i przy użyciu mechanicznej ręki i unikalnych zdolności, ma rozprawić się z przeciwnikiem.

    Oprócz specjalnej ręki, bohater może w ostateczności korzystać z tradycyjnej broni palnej. Do przemieszczania się posłuży mu hak, dzięki któremu niczym Spider-Man będzie mógł latać wśród budynków.